चारे के लिये बोई गई फसल में निंदाई की आवश्यकता कम होती है । क्योंकि पौधों की संख्या अधिक होने के कारण खरपतवार पनप नहीं पाते हैं, किन्तु बीज उत्पादन के लिये ली जाने वाली फसल खरपतवार नियंत्रण लाभप्रद होता है ।चोड़ी पत्ती वाले खरपतवारों के नियंत्रण के लिये 500 ग्राम 2, 4-डी का उपयोग 600 लीटर पानी में प्रति हेक्टेयर घोल कर छिड़काव करें ।

चेपा या माहू : इस रोग का प्रकोप पौधे की पत्तियों पर देखने को मिलता है. इस रोग के लगने पर पत्तियों पर छोटे आकार के बहुत सारे जीव समूह में दिखाई देते हैं  जो पौधे की पत्तियों का रस चूसकर उन्हें सुखा देते हैं । इस रोग की रोकथाम के लिए पौधों पर डाइमेथोएट का छिडकाव करना चाहिए ।

पत्ती धब्बा या झुलसा रोग : पौधों पर इस रोग की वजह से पत्तियों पर काले रंग के छोटे छोटे धब्बे बनते हैं । जो धीरे धीरे बड़े होते जाते हैं । बड़े होने के साथ ही इनका मध्य का रंग काला और किनारों का रंग पीला दिखाई देने लगता है । इस रोग की रोकथाम के लिए पौधों पर नीम के तेल या पानी का छिडकाव करना चाहिए ।

दीमक : जई की फसल में दीमक का रोग किसी भी अवस्था में देखने को मिल सकता है । इस रोग की वजह से पैदावार पर सबसे ज्यादा असर देखने को मिलता है । इस रोग की रोकथाम के लिए खेत को बीज बोने से पहले फिप्रोनिल से उपचारित कर लेना चाहिए और अगर रोग खड़ी फसल में लगा हो तो इमिडाक्लोप्रिड की उचित मात्रा का छिडकाव पौधों पर करना चाहिए ।

 जई के पौधों की कटाई चार से पांच महीने बाद जब फसल अच्छे से पककर तैयार हो जाए तब करनी चाहिए । फसल के पकने पर पौधे का रंग हल्का पीला दिखाई देने लगता है  इसके अलावा बीज हलके कठोर होकर काले दिखाई देने लगे तब इसकी कटाई कर लेनी चाहिए । कटाई करने बाद इसकी पुलियों को दो से तीन दिन खेत में सूखने के लिए छोड़ दें जब पुलियां अच्छी तरह सुख जाए तब इन्हें एक जगह एकत्रित कर मशीन की सहायता से निकलवा लेना चाहिए  ।